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Diamond软件问题集锦(下)


21. diamond保存图片时可以设置分辨率吗

diamond画图,保存图片选择tif格式直接保存后,像素很低,感觉不清楚。diamond里可以设置,像素,分辨率,再保存吗?

答:当然可以。在layout里设置一下,600最好。

答:一般300就可以了。

答:当然可以。在layout里设置一下,600最好。这个好象是对bmp起作用。

22. 关于diamond中氢键粗线设置问题

如题,在diamond中,由build-create h-bond产生的氢键为较细的虚线,如何把氢键设置得粗一点 我试了一下,如果在picture-bond design 设置粗细,则氢键也会变成实线,与其他的化学键分不开。麻烦大家指导如何把氢键设粗又还是保持虚线的形式?

答:首先进入edit,edit bonds,然后选中你要设置的氢键类型,比如NO键,选中design,通过调节radius可以调节键的粗细,然后在fragmentation里输入大于1的数字线就成虚线了,我一般选4,你可以自己调节。

答:你可以全选键然后加粗,点应用、不点确定。

23. 控制晶体的层状结构数目

Diamond画单晶的结构图,把CIF文件导入后,用grow命令的话,晶体的层状结构会一下长很多层,用什么命令才能实现我让它长两层就长两层?我想让它长三层就长三层?

答:用对称操作一个一个加,对称操作码在platon里面。

; structure/fill/cell range里面可以控制大小。

24. 使用diamond生成氢键

在使用diamond 画图时,craete H-bonds 总是不成功,没有氢键产生;实际上存在氢键,有哪位虫友也遇到过类似问题,帮小弟一把!

答:你设置供体和受体之间的距离了吗?先设置好氢键的距离。

答:必须有氢,否则无法craete H-bonds

25. Diamond里面如何选择一个分子

请问在Diamond里面有没有简单的方法直接选择一个分子?(除了destroy的时候选中分子中的一个原子就可以删除全部之外) 就像xp里面的uniq命令那样,谢谢。

答:右键有一个“select molecule”

26. 如何用diamondC-H……pai pai……pai堆积

如何用diamondC-H……pai pai……pai堆积,请多指教。

答:用假原子,可以完成。

答:用picture中的bond designs,出现复选框,在Atom groups中选择对象,在style and colors中有一个fragmetation选项,在它的旁边有一个可供选择的小箭头,按向上的箭头,选择你想要的虚线度,数字越大,虚线的长度越小。 先选定原子,在Diamond(一般是左下角)的picture工具栏里有一个图标,中间是个棕黄色的小圆球,外面有一圈虚线,按一下那个图标试试看,应该可以。

或者在build中的fix spere 即可。 或者click built—fill—-Rectangular—Area

27. 怎么插入假原子

请教DIAMOND里,怎么在两原子中心插入一个假原子。谢谢!

答:选定两个原子 insert就好啦,呵呵。

28. 如何看两个原子间的距离

请问用DIAMOND画图时,如何看两个原子间的距离.期待高手指点.

答:在build功能里,连及INSERT–bond两个原子,右键点击即可察看。

答:tool —–measure distance,然后在分别点击你所测的两个原子,将鼠标放到一个原子上就会出现距离。

29. 怎样在diamond里测面与面之间的距离

想通过测面面之间的距离来说明π-π堆积,可是在diamond里面怎样测啊?

答:Diamond的帮助文件里都有详细说明,自己查一下。平行平面之间的距离实际上就是点到面的距离。Diamond可以非常方便的测出,用Tools/Measure Planes etc命令。

答:先选中一个平面中所需原子, Objects->planes-> creat plane from atoms;同样建立第二个平面.tools->calculate->distance from planes.

30. Diamond里面原子符号的上标怎么弄 想标原子名称,而且有对称符号,如i, ii, iii之类的,请问在Diamond里面怎么把他们弄成上标啊?谢谢!

答:可object—>text 然后打i, 加入后移动到某原子那, 比如Cd1i (i为上标). 答:要标某原子, 点到那原子, right click, add—>label

答:画完图后在photoshop中处理就行。

答:点右键add: atom label;点右键edit atom label content的下拉菜单,找到(individual type);然后在下面ndividual 对话中输入你要表达的内容,点OK就行了。

答:我一般在微软的画图工具中进行标记。

31. 如何用diamond画纳米空心管 最近看到了一篇关于纳米管的文献,很好奇里面的空心管是如何画出来的,我用diamond画出了那种圆柱管,但不知道怎样把它弄成空心的,因此在这里请教一下高手了。

60b82c5d92c16.png

答:可以参考,photoshop画空心圆

用椭圆选择工
具画圆,然后描边,选择好描边的宽度、颜色、位置就可以了。其中,描边的位置有居内、居中、局外三种,我们把描边宽度设的宽点就可以清楚的看到这三种位置有什么区别。 但是描边的宽度大到一定像素(比如30)就不圆了。这时候的方法是,新建图层上做圆形选区,填充一个颜色,然后变换选区,删掉多余的。 

具体做法:Alt+Delete填充前景色——右键变换选区”——Shift+Alt+鼠标拖动角部控制块,以中心为固定点等比缩小合适大小——按下Enter键确定——按下Delete键删除移动后的选区内容。 变换选区也可以通过按键“Alt+s+t”Alt+s是键盘打开选择菜单的方式,T是选择菜单下的变换选区)实现。 

如果使用快捷键“Ctrl+T”,这是自由变换快捷键。它是对被选中的对象进行变换,不针对选区自身。 如果使用“Ctrl+Alt+T” ,则是对选中对象的复制并进行自由变换。这个当它出现和变换选区一样的手柄框时,可以用鼠标拖动来看到是复制了一个出来了,而且是对复制的对象进行变换,也不是对该选区进行变换。

32. 怎样去掉不合理的键 有些键是不合理的键连,怎样才能去掉这些键?

答:build—>connectivity 可以改吧.

答:如果你要删除的是一类键,可以在右侧下拉框找到table of bond group,上面会有键的列表,找到你要删的一类键,右键select by group,发现图片上所有的这类键的会被选中。然后再图片上对准选中的其中一个键,右键选删除便可。

答:在buil——connectivity里,上面是键的类型,下面的框是键长,在上面把你不想要的键的类型前面的框里的对勾去掉,下面的键长可以输入你认为合适的范围。

33. 怎样在grow的时候添加上非键的原子 我在用diamond 的时候,在使用grow 的时候不知道为什么非键的原子未被增加,请问这个问题怎么解决啊?

答:grow只会将已经存在的并且成键的原子向外延伸,非键的原子当然就不会增加了。如果要非键原子一同产生的话可以用fill功能。

34. diamond画图如何只长几个分子 我用diamond画图,是多核的配合物,我想只长出几个分子,怎样可以实现呢,如果把一个晶胞都填充了再删好像很麻烦啊。

答:用GET MOLECULES命令就可以做到。

答:你的如果不是多核应该很好画的,选中任意一个原子,按住ctrl+alt+S就可以长出该原子附件的所有原子,叙述不大清楚,楼主试试就可以吧。

答:选中一原子–build—fixed spheres–设置数值。

35. 如何改变背景颜色?背景色是黑色怎么变成白色啊?

答:在picture-layout-background里,也可以刚进去软件时设置。

36. diamond输出黑白图 因为投稿彩图收费的问题,所以我打算用黑白图画晶体,可是我只会画彩图,不知道怎么弄成黑白的,请高手指点,不胜感激!

答:这个问题很好解决。你将Diamond图片贴到Word里后,在设置对象格式里将图片颜色设为灰度就可以了。

答:你也可以在用Diamond绘图时就把它绘成灰白的,因为原子的颜色等在Diamond

里是可以调整的。

37. diamond计算MOF微孔 得到一个MOF,但不知道怎么算孔有多大?

答:孔隙率还是孔直径?孔隙率的话用PLATON算,孔直径的话就直接量距离再减范德华半径。

38. diamondlegend问题 在diamond中如何把右下角legend中图中没有的原子隐藏起来 而只显示图中有的原子。

答:这个没法隐藏的,不过你可以在Structure/Atomic Parameters对话框里将你不需要的原子删除,然后再绘图就可以了。还有一个办法就是做好图后在Build/Atom Groups对话框中将你计划要隐藏的原子Assign给其它原子就可以了。

答:可以隐藏,在编辑legend里面最下面的Select里,将需要隐藏的原子勾掉就可以了。

60b82c8f72ce7.png

答:把鼠标放在legend上面。点右键,弹出对话框,在display前的筐子里的钩子去掉即可。

39. 请问怎样在diamond里面看配位数

我的理解是这样的,把某目标原子的配位多面体做出来,查顶点个数就行了.但是在diamond里面,做配位多面体的自由度很大,我可以设定配位多面体顶点与目标原子的最大距离,这样一来配位多面体就很主观了,我不知道这个问题怎么办?

答:你应该现在Build/Connectivity调整键长,然后再做多面体就可以了。

答:这就要依据你的金属原子和配位原子之间的键长了,一般的金属(如主族金属,过渡金属,稀土金属)与常见的配位原子(ON)之间的键长都不超过3.0。有的文章即使报道超过3.0的也不称之为键长,而是叫做弱作用。这种弱作用也可以参与多面体的形成。个人意见,仅供参考。

40. Diamond 3里面如何画示意箭头

Diamond 3里面如何画示意箭头

答:我都是先画好图再在PPT里加的。

答:画好后,转为 .tif文件后用画图软件添加。

41. Diamond 中晶胞的白线如何去除 Diamond 中晶胞的白线如何去除

答:Build/Destroy/All Cell Edges

答:可以在快截菜单栏点那个X,然后选择cell edge

42. 求助-如何在diamond中画C-H…π相互作用图 急求助高手指点,如何在diamond中画C-H…π相互作用图啊,非常感谢!

答:你先找到芳香环的中心并给出一个dummy,然后连接Hdummy,再把dummy设置为invisible就行了。

43. diamondXP画图及处理图片问题 用diamondXp画图画完图后,大家用什么方法处理成符合发表要求的图片的?

我们是画完图后存成.bmp格式(diamond 画图时),然后用HyperSnap-DX 5(一种截图软件)将图片截出来,再直接复制到word文档中,可是这样处理的图像虽然看起来很清楚,但是打印出来的图像质量很不好(虚),请教一下高手,怎么处理才能使打印出来的图像不虚? 答:diamond可以调分辨率的 同时我们一般保存为tif 不要bmp 不知道别人如何。

答:直接在pdf中截图贴进word也可以啊。要看杂志的,有的杂志要求你提供pdf,有的是pstifbmp等不同的。

44. diamond里面的坐标 我的diamond里面的坐标看不见了,我设置好的为什么看不见呢,objects—— coordination system,但是还是看不见无论是在边上还是在中心,都看不见,郁闷。

答:在objects-coordination system里面将X, Y的值改一下,可能会找到。

60b82ca29e8f0.png

45. 讨论一下Diamond ,XP以及Mercury中哪一个画出的图是真实的 Diamond ,XP以及Mercury中哪一个画出的图是真实的,这个不太明白啊。

大家来讨论一下吧!例如我的一个晶体数据用XP画时,显示高氯酸根中的氧原子与Cu之间有虚线连接(即弱的相互作用),而用Mercury看时高氯酸根中的氧原子与Cu则是之间连接了起来,当用Diamond 画时单核的Cu则由高氯酸根中的氧原子连接成了一维的链,到底以哪一为准啊?

答:看一下距离吧~和经典键长对比下 个人觉得以xp为准。

答:主要是设置的键长不同画出来的结构就不同 看一下CuO之间的距离再与经典键长比较看是否成键。

答:diamond 的键长也是设置的,在编辑(edit)中就可以随意设置,你所说的问题是diamond默认的。

转载自清新电源张哲旭

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