壳聚糖，化学名称为聚葡萄糖胺(1-4)-2-氨基-B-D葡萄糖，是由甲壳素经过脱乙酰作用得到的，一般而言，N-乙酰基脱去55%以上的就可称之为壳聚糖。而壳寡糖利用壳聚糖为原料，把壳聚糖降解为小分子，就是壳寡糖。两者具体区别在于：

1）分子量区别：壳寡糖是壳聚糖经特殊的生物酶技术处理得到的一种全新产品，分子量在3000Da以下；壳聚糖是甲壳素部分脱乙酰基的产物，分子量在50－100万；  

2）溶解性区别：壳寡糖分子量较低，能完全溶于水；壳聚糖只能溶解于稀酸溶液中。水溶性的增强是影响壳寡糖一些生理活性的重要因素，只有溶于水，才有可能被生物体吸收和利用，表现出生物活性，所以壳寡糖更容易被人体、动物和植物体吸收。  

3）功能性区别：分子量在2000以下的壳寡糖展现出独特的生理活性和功能：提高巨噬细胞的功能；抑制肿瘤细胞的生长和转移；降低胆固醇和血脂；抗菌、抑菌和显著的保湿吸湿能力等。  分子量低于5000的壳寡糖具有阻碍病原菌生长繁殖，促进蛋白质合成，活化植物细胞，从而促进植物快速生长等。